财政部 国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）规定的对非营利的医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入免征各项税收，仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税。按照《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）的规定，个人取得应税所得，应依法缴纳个人所得税。
（财税〔2003〕109号第一条）
一、在医疗机构任职所得
个人因在医疗机构（包括营利性医疗机构和非营利性医疗机构）任职而取得的所得，依据《个人所得税法》的规定，应按照“工资、薪金所得”应税项目计征个人所得税。
（财税〔2003〕109号第二条第一款）
乡村卫生室（站）的医务人员取得的所得，按照“工资、薪金所得”应税项目缴纳个人所得税。
（国税发[1997]178号第二条第二款）
二、受聘坐诊及售药
受医疗机构临时聘请坐堂门诊及售药，由该医疗机构支付报酬，或收入与该医疗机构按比例分成的人员，其取得的所得，按照“劳务报酬所得”应税项目缴纳个人所得税，以一个月内取得的所得为一次，税款由该医疗机构代扣代缴。
（国税发[1997]178号第三条）
三、承包承租经营医疗机构所得
（一）医生或其他个人承包、承租经营医疗机构，经营成果归承包人所有的，依据个人所得税法规定，承包人取得的所得，应按照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应税项目计征个人所得税。
（财税〔2003〕109号第三条）
（二）对于由集体、合伙或个人出资的乡村卫生室（站），由医生承包经营，经营成果归医生个人所有，承包人取得的所得，比照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应税项目缴纳个人所得税。
（国税发[1997]178号第二条第一款）
四、个人投资开设医疗机构
（一）个人投资或个人合伙投资开设医院（诊所）而取得的收入，应依据个人所得税法规定，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目计征个人所得税。
（财税〔2003〕109号第四条第一款）
（二）个人经政府有关部门批准，取得执照，以门诊部、诊所、卫生所（室）、卫生院、医院等医疗机构形式从事疾病诊断、治疗及售药等服务活动，应当以该医疗机构取得的所得，作为个人应纳税所得，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴纳个人所得税。
（国税发[1997]178号第一条第一款）
（三）个人未经政府有关部门批准，自行连续从事医疗服务活动，不管是否有经营场所，其取得与医疗服务活动相关的所得，按照“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴纳个人所得税。
（国税发[1997]178号第一条第二款）
各省、自治区、直辖市地方税务局可以根据本地实际情况，确定个体工商户业主的费用扣除标准。
（国税发[1997]178号第一条第三款）
五、征收管理
（一）登记
经政府有关部门批准而取得许可证（执照）的个人，应当在领取执照后30日内向当地主管税务机关申报办理税务登记。未经政府有关部门批准而自行开业的个人，应当自开始医疗服务活动后30日内向当地主管税务机关申报办理税务登记。
（国税发[1997]178号第四条第一款）
（二）特定人员投资医疗机构
对残疾人、转业军人、随军家属和下岗职工等投资开设医院（诊所）而取得的收入，仍按现行相关政策执行。
（财税〔2003〕109号四条第二款）
（三）文件冲突的解决
以前的法规或答复与本文不符的，应以本文为准。
（国税发[1997]178号第四条第二款）