一、税款清算与定额管理
实行定期定额征收方法的纳税人正常申报时，按以下方法进行清算：
（一）每月开票金额大于应征增值税税额的，以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据。
（国税函[2004]1404号第四条第一款）
（二）每月开票金额小于应征增值税税额的，按应征增值税税额数征收税款。
（国税函[2004]1404号第四条第二款）
二、税务票表比对
税务机关要加强对认证通过的代开增值税专用发票和纳税人申报表进行比对。对票表比对异常的要查清原因，依照有关规定分别进行处理。要对小规模纳税人申报的应纳税销售额进行审核，其当期申报的应纳税销售额不得小于税务机关为其代开的增值税专用发票上所注明的金额。
（国税函[2004]1404号第六条）
三、数据传递与保管
（一）代开专用发票岗位应在每月纳税申报期的第一个工作日，将上月所开具的代开专用发票数据抄取、传递到防伪税控报税系统。代开专用发票的金税卡等专用设备发生故障的，税务机关应使用留存的专用发票第五联进行扫描补录。
（国税发〔2004〕153号第十五条）
（二）代开发票岗位应妥善保管代开专用发票数据，及时备份。
（国税发〔2004〕153号第十六条）
（三）税务机关应按月对代开专用发票进行汇总统计，对代开专用发票数据通过增值税计算机稽核系统比对后属于滞留、缺联、失控、作废、红字缺联等情况，应及时分析，查明原因，按规定处理，确保代开专用发票存根联数据采集的完整性和准确性。
（国税发〔2004〕153号第十七条）
四、违规处理
代开专用发票各岗位人员应严格执行本办法及有关规定。对违反规定的，追究有关人员的责任。
（国税发〔2004〕153号第十八条）
五、实施日期
本办法自2005年1月1日起实施，凡与本办法相抵触的规定同时停止执行。
（国税发〔2004〕153号第二十条）
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局可根据实际在本办法基础上制定实施细则。
（国税发〔2004〕153号第十九条）