一、法律依据：

（一）《发票管理办法》第十九条： 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；特殊情况下由付款方向收款方开具发票。

（二）《营业税改征增值税试点实施办法》（财税[2016]36号附件1）第四十二条：纳税人发生应税行为，开具增值税专用发票后，发生开票有误或者销售折让、中止、退回等情形的，应当按照国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票;未按照规定开具红字增值税专用发票的，不得按照本办法第三十二条和第三十六条的规定扣减销项税额或者销售额。

（三）《小企业会计准则》第六十一条第三款销售折让，是指小企业因售出商品的质量不合格等原因而在售价上给予的减让。 

二、处理意见

根据质量扣款形成的原因，进行不同的处理：

（一）如因质量不合格而在售价上给予的减让，属于销售折让，应参照《营业税改征增值税试点实施办法》（财税[2016]36号附件1）第四十二条的规定，开具红字发票。否则，会有相关涉税风险。

（二）如因质量不合格而进行的罚款，只有在与售价无关的情况下，才可另作处理。