风险点一：中药材种植企业未合规开具“自产农产品销售”发票，导致购买方无法申报抵扣

A公司主要从事中草药材种植和销售业务，为增值税一般纳税人。A公司认为，公司销售自己种植的亳白芍属于销售自产农产品，可以开具增值税免税发票。因此，A公司财税人员在开具发票时，选择的增值税税率为零。

A公司的客户收到A公司发票后，发现不能在电子税务局勾选抵扣。通过12366纳税缴费服务热线咨询后了解到，A公司在开具发票时，未选择“自产农产品销售”特定业务，导致其客户无法在电子税务局“抵扣勾选”模块里找到该发票，也就不能按规定计算抵扣进项税额。

此后，A公司将对应的发票进行了红冲处理，重新开具了带有“自产农产品销售”字样的发票。

案例中，A公司虽然符合享受增值税免税优惠的条件，但是混淆了免税发票和零税率发票的概念。

风险点二：中药材商贸企业，未规范取得农产品收购发票

B公司主要从事中药材购销业务，为增值税一般纳税人。2025年，B公司为自然人甲某开具农产品收购发票59张，价税合计近650万元。

税务部门在开展大额农产品收购发票核查工作时发现，B公司为甲某开具的发票金额明显偏大，与甲某的日常种植能力不符。税务部门进一步核查B公司银行流水信息发现，B公司与甲某存在资金往来。通过对甲某的问询，确认甲某实际为中药材收购中间商，并非销售自产农产品的农业生产者。

甲某作为中间商，而非销售自产农产品的自然人，不符合农产品收购发票的开具对象要求。因此，B公司向其开具的农产品收购发票不符合政策要求，相应的增值税进项税额不得抵扣，其对应成本也不得在企业所得税税前扣除。

最终，B公司需要对已经抵扣的60余万元增值税进项税额作转出处理，并由甲某按规定重新开具发票，作为企业所得税税前扣除凭证。同时，税务部门对B公司实施发票额度动态授信监管，防范其虚开农产品收购发票的风险。

风险点三：中药饮片加工企业，因核定扣除而未取得相应发票

C公司主要从事中药饮片加工业务，纳入了增值税一般纳税人农产品核定扣除试点。2025年，C公司认为自己已经纳入核定扣除试点，购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。因此，C公司购进农产品时未取得发票。

税务部门在开展核定扣除企业风险排查工作时发现，C公司取得的增值税进项发票数量较少，与生产经营情况明显不符。在税务部门的提示和辅导下，C公司重新取得了购进农产品的相应发票。

根据《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号附件1），试点纳税人购进农产品不再按票面税额抵扣，而是按核定计算方法确定可抵扣的增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，其增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。需要提醒的是，企业所得税税前扣除必须以合法有效发票等税前扣除凭证为依据。因此，对于纳入试点的纳税人而言，“不再凭票抵扣”不等于“无需取得发票”。

风险点四：中成药制造企业，虚增服务费风险

D公司主要从事中成药制造业务，为增值税一般纳税人，主要生产片剂、硬胶囊剂、滴丸剂等

。2024年，D公司销售收入6.3亿元，销售产品多为中成药胶囊、中成药丸剂；取得发票5.9亿元，多为现代服务费、咨询服务费。税务部门在开展风险排查工作时发现，D公司取得的服务费发票过高，可能存在虚增销售费用情况。经过风险核查，确认D公司存在虚增销售费用的问题。

最终，D公司补缴企业所得税税款及滞纳金共90余万元。

——摘自：2025年11月7日，中国税务报，第5版