根据目前国家对行政机关、事业单位工资发放方式改为由财政部门（或机关事务管理、人事等部门）统一集中发放的实际情况，为了避免扣缴税款的职责不清而导致税款流失，现将行政机关、事业单位工资发放方式改革后扣缴个人所得税问题明确如下：

一、行政机关、事业单位改革工资发放方式后，随着支付工资所得单位的变化，其扣缴义务人也有所变化。根据《中华人民共和国个人所得税法》第八条的规定，凡是有向个人支付工薪所得行为的财政部门（或机关事务管理、人事等部门）、行政机关、事业单位均为个人所得税的扣缴义务人。

二、财政部门（或机关事务管理、人事等部门）向行政机关、事业单位工作人员发放工资时应依法代扣代缴个人所得税。行政机关、事业单位再向个人支付与任职、受雇有关的其他所得时，应将个人的这部分所得与财政部门（或机关事务管理、人事等部门）发放的工资合并计算应纳税所得额和应纳税额，并就应纳税额与财政部门（或机关事务管理、人事等部门）已扣缴税款的差额部分代扣代缴个人所得税。

三、各地要结合此次行政机关、事业单位工资发放方式的改革，全面办理扣缴登记，准确掌握本地行政机关、事业单位和财政部门（或机关事务管理、人事等部门）的户数，并对所有行政机关、事业单位、财政部门（或机关事务管理、人事等部门）扣缴个人所得税情况认真进行管理和检查，针对存在问题，研究制定进一步加强行政机关、事业单位工薪所得扣缴个人所得税征管工作的措施。