本案中，国某公司和航某公司签订施工合同，约定前者将有关工程发包给后者，约定的总价款为含税价款，增值税税率为3%。

双方签订补充协议约定，如遇国家相关税收政策调整，双方按有关机构正式发布的税收标准执行，并按照最新公布的适用税率调整合同价款。

航某公司之后开具的发票中有3%、17%、16%、13%税率的发票。该公司认为，补充协议明确约定税率应作为调整合同价款的因素，其基于税务规则只能开具高于3%的发票，由此而产生的税金差额应由国某公司负担，故提起诉讼。

法院认为，航某公司自行开具高于3%税率的发票，是其对自身权利的处分，但其未针对两种不同的应税行为分别进行核算，导致从高适用税率，由此产生的不利后果也应由其自行承担；且航某公司并未实际补缴该税金差额，其主张缺乏事实依据。航某公司按照17%、16%、13%的税率开具发票后，其所缴纳的销项税额可抵扣其购买铝合金门窗等所产生的进项税额。抵扣之后航某公司实际承担的税费金额无法确定，再主张国某公司支付其税金差额，存在双重获利。而且未及时办理结算应归责于航某公司，由此航某公司也不能要求国某公司承担相应的税金差损失。

本案入选理由是，增值税因其独特的征收机制，通过抵扣和层层转嫁对交易双方产生联动影响，从而在计算合同双方的损失和收益时，应当全面予以考虑。本案涉及合同约定包税价时因开具不同税率发票导致的税金差的处理问题，确立了核算规则裁判思路，明确了税金差出现时的相应责任承担，明确纳税人未针对不同的应税行为分别进行核算导致从高适用税率时，产生的不利后果应由其自行承担。本案情形在税收征缴中较为常见，本案有助于司法中如何根据增值税原理确定各方损益，具有典型意义。

——《10个2023年度影响力税务司法审判案例》之六

来源：2024年5月28日，《中国税务报》第7版