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税收案例
税案研究:分支机构独立纳税,总机构在计算留抵退税时,有哪些风险?
发文单位:    文号:    发文日期:2026-07-03
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◎典型案例◎

D新能源发展有限公司主营风力发电和太阳能发电,总部设在省会城市,多家分支机构遍布全省各地市。在增值税方面,各分支机构在生产经营地独立纳税,按项目享受增值税即征即退50%优惠。在所得税方面,由总部汇总纳税,各项目按规定享受“三免三减半”优惠。

税务干部在风险核查中发现,D公司总部2024年底申请留抵退税2300多万元,但总部增值税申报收入3年累计不足100万元,进销严重背离。进一步分析发现,该部分留抵多为风力发电机组采购、工程勘测、建筑安装工程等进项税额。

D公司财务人员解释,公司总部对前期建设阶段实行统一采购,相关进项税发票集中开具至总部,但总部并无实体发电项目,未产生对应销项,由此产生大额留抵税额。该公司建设阶段的大额进项税额,既未随业务实质下沉至各分支机构,分支机构又在属地纳税中照常享受即征即退政策——两端合计,形成了总部取得大额留抵退税与分支机构享受即征即退并存的情形。

 

◎风险分析◎

《财政部 税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》(财政部 税务总局公告2025年第7号)第九条明确规定,纳税人自2019年4月1日起已取得留抵退税款的,不得再申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。纳税人一次性将已取得的留抵退税款全部缴回后,可以就缴回当月起发生的增值税应税交易,按照规定申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。10号公告进一步明确,该项政策继续执行。

D公司总部已申请并取得留抵退税,分支机构又同步享受即征即退,两者并轨运行,明显违反政策规定。同时,增值税即征即退政策要求,对即征即退项目的进项税额进行单独核算,企业所得税“三免三减半”政策同样要求,对各优惠项目分别核算收入和成本,并合理分摊期间费用。但是,D公司风电、光伏项目建设期实行集中采购,大额进项发票全部集中到总部处理,既未按项目归属分拆,也未随业务实质划转至分支机构,分支机构无法准确计算即征即退税额,各项目的所得税成本核算同样失真,两项优惠的享受基础存在问题。经辅导,D公司主动缴回不符合规定的增值税留抵退税2300多万元,并对内部费用分摊机制进行全面整改。

 

◎合规提示◎

总分机构模式下的新能源企业,须在项目立项之初即建立独立的财务核算体系,确立“谁受益、谁归集”的进项税额归属原则,做到票据跟着项目走、进项跟着业务走。具体而言,取得进项发票时,应同步明确受益项目与受益主体,发票开具至对应项目;享受即征即退政策的项目,须单独设立辅助账归集进项税额,不得与总部或非优惠项目混同;在申请留抵退税前,应审慎评估其与即征即退政策的关系,根据各分支机构实际税负情况提前规划适用路径,避免先取得留抵退税、再享受即征即退政策时出现违规的被动局面。

 

——来源:2026年7月3日,中国税务报,第5版,原题:《税收优惠合规享,关键事项别“过界”

 

 


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